Флора Койтендага исключительно богата, здесь сосредоточены сотни видов, многие из которых редкие и эндемичные, то есть нигде более не встречающиеся. В ходе сезонных весеннее-осенних исследовательских экспедиций специалистов Института ботаники Академии наук Туркменистана здесь были обнаружены редкие для нашей страны влаголюбивые папоротники.


Один из них краекучник орляковый внесен в Красную книгу Туркменистана, нуждающийся в особой охране, поскольку количество растений исчисляется буквально единицами. Образцы этого растения были собраны в трещинах скал ущелья Башбулакдере.

Еще один папоротник – пузырник ломкий с достаточно обширным ареалом распространения, хотя встретить его не так просто. Природные популяции растения располагаются в среднем и верхнем поясах гор, где есть выходы родников на каменистых склонах или имеют место временные водотоки. Этот вид обнаружен в единичных экземплярах в ущелье Умбардере.

Нежный и красивый папоротник адиантум венерин волос – один из наиболее распространённых, встречается повсеместно у выходов родников, горных речек, часто образуя зелёный ковёр. Данный вид является реликтовым растением юрского периода.

Костец зелёный был впервые обнаружен в каньонах Ходжапиля. В результате последовавших затем многолетних ботанических исследований было найдено еще одно его местонахождение в ущелье Дарайдере в труднодоступных местах на средней высоте обрывистых краев «ботанического» ущелья, каким его называют ученые.